跨学科论文的写作需要跨越不同学科领域的知识，因此容易在万方查重系统中出现重复。为了应对这一挑战，作者在写作过程中应注重文献引用，避免出现抄袭现象。此外，可以通过合理安排论文结构，突出自身观点和创新性，减少与他人重复部分，提高原创性，从而降低查重率。同时，使用专业的文献管理软件，如EndNote、NoteExpress等，能够有效帮助整理文献，减少查重风险。另外，定期检查论文的查重报告，及时调整论文内容，对于降低查重率也至关重要。

除了以上提到的方法，还可以通过扩展文献调研范围，引入更多的学科视角和研究方法，提高论文的独特性和学术价值，从而减少与他人的雷同之处。此外，审慎选择论文题目，避免选择过于热门或者老套的课题，可以降低查重率。同时，在论文写作过程中，要注意避免直接引用他人观点，而是通过自己的理解和分析，呈现出独特见解。最后，定期学习相关学术规范和写作技巧，不断提升自身学术水平，也是应对跨学科论文查重挑战的有效途径。